「伪•游戏测评&新(旧)闻碎碎念」Fold It——Solve Puzzles for Science

  1. 6月前

    如你所见这是一个略微神奇的游戏,正如其名“Fold It”:通过操纵移动蛋白质分子的肽链,折叠蛋白质,并尝试找到一个能量够低的稳定构象。其中蕴含的规则原理很简单:让大位阻基团互相回避,基团间形成氢键等次级键,疏水基内折而亲水基外翻。来降低分子自身的构象能与和外部的作用能。但却依然富有挑战性:要求着玩家们高超的空间想象力、全局与部分间的协调能力以及敏锐的直觉;同时蛋白质分子并不是孤立而僵硬的,其在与外界动态的相互作用下会不断地运动——在分子动力学引擎模拟下。

    直到目前为止,似乎也没什么太奇怪的。当你一路过关斩将,你会前进到这个特别的关卡——也是一座纪念碑:M-PMV,艾滋病毒的逆转录酶,整个病毒生活史的关键。其稳定构象的问题曾经苦苦困扰了科学家们十年。而就在2011年,57000位玩家团结协作,通过十天的摸索钻研,给出了完美的答卷。并自豪地在顶级刊物《自然·结构与分子生物学》上向整个科学界宣告自己的成就。

    但一切并不止步于此。直到目前,Fold it的众多玩家们已经完成了千余个蛋白质分子结构的构建,从基础的结构与分子生物学研究到新药研发、疾病治疗都将发挥它的作用。这些任务若是以由少数科研人员以当前速度孤军奋战,最终完成可能要轮到一两百年后。而尽管接下来面临的硬骨头越来越多,但更多的人怀抱兴趣加入到这队伍之中。

    这样“大众参与”科学项目还有很多,横跨气候变化、天体探索与疾病治疗等领域。除你亲手参与外,通过分布式计算拆分复杂任务,每个人,只要你愿意为这个项目添柴加火,你的电脑、手机乃至PS3游戏机,都可以承担零散的任务,并将完成结果反馈给计算平台。其中规模最大的分布式计算项目是斯坦福大学的[email protected] home,计算量达到135千万亿浮点每秒,相当于4个天河二号(33.9)。

    而另一方面,就在这个小游戏中,我们也同样可以窥见理论与计算化学的崛起。2013年诺贝尔化学奖被颁发给Karplus、Levitt与Warshel,奖励他们将经典力学与量子化学方法结合,建立多层次化学系统的数学模型。随着计算机算力提高和算法改进,分子模拟、量子化学等各层次的理论计算工作的精度、速度与尺度不断提高,越来越多地被实验家们接受,用以预测和解释实验现象。尽管目前还有种种遗憾,但化学已经不再是那个一味在玻璃瓶中观察零碎现象的半经验学科,接下来的时间足够我们看到这些改变。而在这个新兴的分支学科,我们能非常欣慰地看到众多活跃其中的民间爱好者们,以其自身极大的热忱,为其辛勤地添砖加瓦,将它塑造成现在的模样。

    上个世纪至今,科学经历了大爆发。至今大众与科研人员间相隔着巨大鸿沟,不同方向的专业人士间的差异与隔阂也日渐扩大。但互联网将知识树上遥远分支上的我们重新联系。在科学教育与研究中,专业人员不再居高临下去灌输自己的见解,而大众也不仅仅一味被动接受。我们共同参与,携手并进。同时随着各学科间交叉融合,它们以崭新的视角与面貌展现在我们面前。
    这一切都期待着我们见证。

    顺便,十周年生日快乐@foldit

    foldit官网:
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    中国分布式计算总站:
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  2. 在小海龙的资词下把这篇自己写的小玩意搬到这来了。两年前鸽的神秘力量硬是把这篇旧闻鸽成了历史,但愿报导没有什么偏差吧

  3. 5月前

    fold.it 是 Volunteer Your Brain, 你其实还可以 Volunteer Your Computer

    后排推荐 [email protected] , 贡献算力

 

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